Inisiatif awal pendirian PUSKAMUDA adalah sebagai salah satu pusat kajian di bawah koordinasi Manajer Riset FISIP UI. Pendirian PUSKAMUDA ini berkaitan hibah yang diberikan oleh Kementerian Pemuda dan Olah Raga RI kepada beberapa perguruan tinggi di Indonesia untuk mendirikan pusat studi kepemudaan untuk mendukung sekaligus mengkritisi kebijakan-kebijakan Kementerian Pemuda dan Olah  Raga. Namun seiring berjalannya waktu, independensi PUSKAMUDA berkembang dalam rangka menguatkan netralitas pandangan dan juga keberpihakan pada keunggulan pemuda bangsa. Oleh karena itu, PUSKAMUDA kemudian berdiri sendiri sebagai organisasi yang berbadan hukum melalui Akta Notaris No. 10 tanggal 25 Mei, 2012.